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糞便標本的檢測對判斷消化系統疾病有重要參考價值。采集時要求用干凈的竹簽選取含有粘液、膿血等異常病變成分的糞便，對外觀無異常的糞便須從表面、深處及糞端多處取材。所有糞便標本采集后及時送檢，1小時內應檢查完畢，以防止有形成分受消化酶及pH的破壞。

找寄生蟲蟲體及作蟲卵計數應收集24小時糞便。

查痢疾阿米巴滋養體應于排便后立即檢查，從有膿血和稀軟處取材，保溫送檢。

查日本血吸蟲蟲卵時應取粘液、膿血部分，孵化毛蚴時至少留取30g糞便，且需盡快處理。

檢查蟯蟲卵須用透明薄膜拭子于晚12時或清晨排便前自肛門周圍皺襞處拭取并立即鏡檢。

隱血試驗（化學法），試驗前3日禁食肉類及含動物血食物并禁服鐵劑，維生素C等。